Dans le cadre d'observatoires participatifs, il peut arriver que les observateurs commettent des erreurs d’identification, qu’ils soient débutants ou naturalistes confirmés. Les analyses statistiques permettent alors de les mesurer et de les prendre en compte dans les interprétations, afin de les écarter des bases de données scientifiques. Les observatoires qui proposent un protocole clair et précis à leurs participants comptent de plus faibles taux d’erreur : les observateurs sont en effet guidés dans l’identification, ce qui limite les erreurs et facilite le contrôle des données.
Ces erreurs commises par des observateurs sont aussi étudiées en elles-mêmes par Vigie Nature, qui montre que la pratique amène les participants à rapidement progresser dans leurs capacité d'identification.